Santos F. C. fue fundado el 30 de mayo de 1976 en el Distrito de Vista Alegre1 y desde entonces estubo participado en la Liga Distrital de Fútbol de Vista Alegre hasta que en el año 2019, luego de una excelente Copa Perú 2018; participa en la Liga 2 del Perú.

Copa Perú (2012-2018)

Temporada 2012

Terminó siendo subcampeón de la liga distrital de Vista Alegre,2 con lo cual logró su primera clasificación a la etapa provincial. En esta etapa fue subcampeón de la liga provincial de Nasca,3luego de eliminar al Quinta Cuadra (Acarí), Sport Lucumillo (El Ingenio) y Juan Mata (Nasca). En la final, pierde por 1 – 0 frente a Defensor Mayta Cápac (campeón distrital de la liga de Vista Alegre). Ese subcampeonato le permitió clasificar a la etapa departamental, en la que se proclamaría campeón de la Liga departamental de Ica456, luego de eliminar al Joe Gutiérrez (Pisco), Club Puquio (Puquio) y Barcelona FC (Parcona). En la final logra vencer a Defensor Mayta Cápac por 4 – 3, en penales, tras haber empatado el partido por 2 – 2. De esta manera lograba clasificar por primera vez a la etapa regional.

En la etapa regional inició su participación estando en el grupo B de la región VI, junto a Defensor Zarumilla (Nasca), UDA (Ascención) y Sport Libertad (Huanca Sancos). En su primer partido, jugado en Ayacucho frente a Sport Libertad, perdió por 2 – 1. Al final de esta etapa se ubicó último en su grupo con cinco puntos como resultado de dos empates (Santos 0 – 0 Defensor Zarumilla y Defensor Zarumilla 1 – 1 Santos) y una victoria (Santos 2 – 0 UDA).

Temporada 2014

Terminó siendo campeón de la liga distrital de Vista Alegre7y con esto logró clasificarse a la etapa provincial. En el camino elimina al Atlético San José (El Ingenio) y Defensor Municipal (Marcona). Fue eliminado en semifinales por Defensor Zarumilla8(Nasca).

Temporada 2017

Terminó siendo subcampeón de la liga distrital de Vista Alegre y con esto logró clasificarse a la etapa provincial. En el camino elimina al Unión la Legua (El Ingenio) y San Nicolas (Marcona). Fue eliminado en semifinales por Defensor Zarumilla (Nasca) (Como en el 2014).

Temporada 2018 – Ascenso a segunda división

Terminó siendo nuevamente subcampeón de la liga distrital de Vista Alegre910 y posteriormente campeón de la liga provincial de Nasca11 y de la liga departamental de Ica12 con lo cual logró clasificarse por segunda vez a la etapa nacional.

En la etapa provincial elimina a los equipos de Unión Lopez (Nasca), Unión la Legua (El Ingenio) y Defensor Chiquerillo (Changuillo). En la final derrota al Defensor Zarumilla (Nasca). En la etapa departamental se enfrenta al Sport San Clemente (San Clemente) y elimina a los equipos de Unión San Martin (Pisco) y Juventud Santa Rosa (Pisco). En la final derrota al Sport Marino (Ica).

En la etapa nacional terminó en la décima posición entre 50 equipos participantes, logrando clasificarse a los repechajes (Segunda fase). En el repechaje eliminó a Sport Huanta (Ayacucho) con un global de 5 – 2. Ya clasificado a la tercera fase elimino en octavos de final y cuartos de final a Unión Alfonso Ugarte (Tacna) y a Venus de Huacho (Lima) con globales de 5 – 3 y 2 – 1 respectivamente. De esa manera, el club se clasificó a la finalisima de la Copa Perú; siendo el primer equipo de la provincia de Nasca en lograrlo y el segundo equipo del departamento de Ica (Excluyendo a los equipos de la Provincia de Ica) en llegar a la finalisima (El primero fue el Defensor Mayta Capac (El carmen – Chincha) en el año 1981).

Tras llegar a la final de la Copa Perú 2018 se midió ante los conjuntos de Pirata F. C. de Lambayeque, Alianza Universidad de Huánuco y Unión Deportivo Ascensión de Huancavelica. Tras quedar tercero en la finalísima clasificó junto al Alianza Universidad (2do en la finalísima) al Cuadrangular de ascenso midiéndose ante los equipos de segunda división profesional Carlos Manucci y Cienciano por los 2 cupos de ascenso a la maxima división del fútbol profesional del Perú. Tras caer ante Cienciano (2-3) y Carlos Manucci (1-2) perdio la posibilidad de ascender a la primera división del fútbol profesional teniendo que contentarce con el ascenso a la liga 2.

Liga 2

Temporada 2019

En el 2019 fue uno de los representantes del departamento de Ica (Junto a Sport Victoria) en el fútbol profesional (Liga 2). Termino siendo la revelación del campeonato, logrando muy buenos resultados tanto de local como visitante. Antes de finalizar la primera rueda sufrió la pérdida de puntos ante Alianza Atlético por la fecha 8, sin embargo, logró recuperarse y acabar la primera rueda como líder. Tuvo una corta participación en la Copa Bicentenario 2019 donde fue ubicado junto a Sport Huancayo, Deportivo Municipal y Ayacucho F.C., acabando penúltimos en su grupo. Reanudando la campaña en la liga 2, Santos tuvo un declive en su nivel, llegando a la última fecha con obligación de ganar en la altura de Cuzco ante Cienciano, sin embargo esto no se logró cayendo por 4-2, y quedando quinto en la tabla de posiciones, pasando a una ronda eliminatoria donde fue eliminado por un global de 5-0 ante Deportivo Coopsol y culminando el sueño de la máquina azul de ascender a la máxima categoría en su primer año de competencia en el fútbol profesional.

Temporada 2020

Debido a la Pandemia causada por el virus SARS_COV_2, la liga 2 de ese año se disputo íntegramente en la provincia de Lima y la provincia del Callao. En esta temporada Santos FC realizo la peor participación en la liga 2 quedando en el penúltimo lugar de 10 equipos participantes.

Temporada 2021

El campeonato se disputo nuevamente en la provincia de Lima y la provincia del Callao. Como el año anterior, el cuadro azul realizo una mala campaña quedando en el antepenúltimo lugar de 12 equipos participantes.

Temporada 2022

Esta es, hasta el momento; la mejor participación del cuadro santo. El campeonato se dividio en 2 torneos (Apertura y Clausura). El proyecto lo comenzo el profesor Orlando Lavalle que termino el apertura en el 6to lugar. Luego de una reunión entre dirigentes, decidieron concluir el vínculo laboral con el profesor Orlando Lavalle y contratar los servicios de José Soto. En el clausura estuvieron como escolta del Cusco FC por una buena parte del campeonato pero finalmente no pudieron lograr el título del clausura ni quedar dentro de los 2 mejores del acumulado quedando en el tercer lugar del clausura como de la tabla general siendo superados por Cusco FC y Unión Comercio.